El saneamiento de aguas negras en Puebla se encuentra estancado. A casi ocho años de distancia, las plantas de tratamiento de aguas residuales que se encuentran en la cuenca del Alto Atoyac siguen sin funcionar y en la región de Huauchinango han pasado dos sexenios desde que se proyectó la limpieza de la Cuenca Hidrográfica del Río Necaxa pero hasta la fecha no se han liberado los 200 millones de pesos que se requieren.
De acuerdo con la Comisión Nacional del Agua (Conagua) hay 22 plantas de tratamiento de aguas residuales en la cuenca del río Atoyac, el más contaminado del país, siete se encuentran operando sin cumplir la norma y 12 están fuera de operación, mientras que tres están en proceso de rehabilitación, la de Huejotzingo, San Martín Texmelucan y Santa Ana Xalmimilulco, esta última sufre un proceso de construcción de tanques, pero no funciona.
Mientras que otras siete, entre ellas las cuatro que se encontraban a cargo de la empresa Tratamiento de Agua de Puebla S.A. de C.V. (TAPSA) operan fuera de la norma, es decir, no contribuyen al saneamiento del caudal.
Sin embargo, el problema del mal funcionamiento de la plantas es generalizado en el estado, pues datos de la Secretaría de Sustentabilidad Ambiental y Ordenamiento Territorial (SSAOT) de la glosa del primer informe de labores del Gobierno del Estado, de las 278 procesadoras solamente funcionan 35.
